Romantický ostrov vulkanického původu se považuje za ztracenou bájnou Atlantidu. Své návštěvníky jistě zaujme průzračně modrým mořem a zajímavou přírodou. Kolorit místní krajiny specificky dotvářejí strmé skály poseté bílými stavbami. Santorini obsadili, stejně jako ostatní Kykladské ostrovy, Dórové, Benátčané a Turci. Ještě dříve bylo však Santorini osídleno Minójci, jejich příchod z Kréty se datuje někdy mezi rokem 2000 a 1600 před naším letopočtem. Ostrov byl v té době kruhový a říkalo se mu Strongili (jedno kolo).
Před miliony let řecký poloostrov spolu s ionskými ostrovy, ostrovy v Egejském moři
a Malou Asií tvořily souvislý suchozemský masiv. Dnešní ostrovy jsou důsledkem nepředstavitelně katastrofických geologických jevů. Jejich přirozeným důsledkem byly mohutné seismické a silnými větry podporované vlny, které zaplavily nižší části nově se vynořivších geologických formací. Na všech řeckých ostrovech byly zaznamenány menší erupce, na Santorini však trend otřesů vzrůstal v průběhu celé historie. Erupce na Santorii opravdu vážně narušili zemský povrch, proto se tvar ostrova v průběhů historie neustále měnil. Vulkanická povaha ostrova je zřetelná téměř všude - pláže s černým pískem, lávou pokryté útesy sklánějící se do moře, zemětřesením zničená obydlí, úrodná půda, dávající základ pro vinoucí se hroznové víno. Vulkán je stále aktivní, avšak strach z toho, že by se vulkán mohl probudit je tu docela běžný. Stále pohyblivé Santorini bylo před miliony let součástí několika vulkánů. Vulkány přestaly chrlit lávu a staly se nečinným okolo roku 3000 před naším letopočtem a v té době se tu usadily první osadníci, kteří sem přišli z důvodu úrodné půdy. Z důkazů nalezených v Akrotiri vyplývá, že obyvatelé tu vedli velmi idylické životy a měli velmi sofistikovanou kulturu. Avšak mír a harmonie netrvaly dlouho, okolo roku 1650 před naším letopočtem se řetězec několika zemětřesení a výbuchů nahromadil do jedné z největších explozí
v historii celé planety. 30 kubických kilometrů lávy se chrlilo vpřed a 36 metrů vysoký sloup popele unikal do atmosféry. Střed ostrova se zhroutil, vytvořila se kaldera, kterou velmi rychle zaplnila voda z moře. Erupce také způsobila řadu vln tsunami, které měly velmi zničující dopad na Krétu a Izrael. Sousední Anafi bylo zaplaveno jednou gigantickou vlnou.
Někteří archeologové se domnívají, že tato katastrofa nezničila jenom Aktotiri, ale celou strukturu
a podstatu Minójské civilizace. Je všeobecně známo, že tato katastrofa byla zodpovědná za zánik Minojské kultury na Krétě, jedné z nejmocnějších civilizací v Řecku v té době.
Po této události bylo Santorini znovu osídleno. V roce 236 před naším letopočtem byla díky aktivnímu vulkánu oddělena Thirasia od ostrova.
V roce 197 před naším letopočtem se ostrůvek známý nyní jako Palia Kameni objevil v Kaldeře, a v roce 726 našeho letopočtu zde byla velká exploze, která vymrštila pemzu až do Malé Asie.
Obrovské zemětřesení o škále 7,8 Richterovy stupnice zpuštošilo ostrov v roce 1956, zabilo spoustu lidí a zničilo většinu domů ve Fiře a Oii.